Smerter Disse smertene varierer fra vage til kraftige. Noen har smerter hele tiden, mens andre får smerter bare på spesielle tidspunkter. Dette kan være under sex, når de har avføring eller under menstruasjon. Ca. 20% av kvinnene med endometriose har ingen plager av tilstanden. Det er uklart hvorfor noen kvinner får smerter og andre ikke. Det kan ha sammenheng med lokalisasjonen eller med egenskaper ved endometriosevevet. Det er heller ikke noen klar sammenheng mellom omfanget av endometriose og graden av smerter. Sterke smerter kan være vanskelig å leve med, og kroniske smerter kan medføre tretthet, søvnforstyrrelser og endret appetitt. Smertene er ofte sterke, og smertestillende tabletter har ofte begrenset effekt Det vanligste symptomet på endometriose er menstruasjonssmerter. Årsaken til dette er at når endometriosevevet begynner å blø under menstruasjonen, kommer ikke blodet som dannes i endometriosen ut slik som menstruasjonsblod gjør. I stedet samler det seg som små blodcyster og gir smerter. Mer sjelden kan kvinner oppleve smerter gjennom hele måneden, eventuelt med periodevis forverrelse. Smerter før menstruasjonen og ved eggløsningen er heller ikke uvanlig. Dessutten opplever noen smerter ved samleie, typisk ved dype støt. Smertene kan vedvare noe tid etter samleiet. Ved endometriose i tarm eller urinleder kan det oppstå smerte i disse organene, f.eks. smerter ved avføring. Endometriose på blæren kan gi smertefull eller hyppig vannlating. Det er imidlertid viktig å huske at menstruasjonssmerter er i seg selv svært vanlig, og ikke alle med menstruasjonssmerter har endometriose. Men sterke menstruasjonssmerter som går ut over dagliglivet kan være tegn på endometriose. Barnløshet Fruktbarhetsproblemer er vanlige, og 30-40% av pasinter med endometriose har problemer med å bli garvide. Noen kvinner oppdager ikke at de har endometriose før de forsøker å få barn. Noen kvinner har imidlertid endometriose uten å oppleve symptomer i det hele tatt.​​ Det finnes ikke noen fullgod forklaring på hvorfor endometriose kan medføre barnløshet, men man tror at irritasjonstilstanden i bukhulen gir et ugunstig miljø for befruktning av eggcellen.